No ano de 1992 começou a ser elaborado o Plano Diretor de Esgotos Sanitários da cidade de Viçosa, pelo SAAE em parceria com o departamento de Engenharia Civil da Universidade Federal de Viçosa, sendo concluído em 1998.

Ao final do ano de 1999 o SAAE iniciou a construção dos interceptores de esgoto, tubulação com diâmetro maior para a condução dos esgotos coletados nas residências até o sistema de tratamento. Ao longo de 15 anos de trabalho exaustivo, em sua maioria com recursos próprios advindos das tarifas de esgoto, o SAAE construiu cerca de 10km de interceptores nas margens do Ribeirão São Bartolomeu.

Em 2009 o SAAE foi contemplado com R$ 13.774.713,04 provenientes do Programa PAC 2 do antigo Ministério das Cidades. Para o alcance deste recurso foi necessário a aprovação do projeto pela Caixa Econômica Federal, processo este que iniciou no ano de 2010 e possibilitou a licitação das obras de ampliação do sistema de esgotamento sanitário no ano de 2013. Neste mesmo ano foi iniciado o Projeto de Trabalho Técnico Social (PTTS), realizado em conjunto com escolas do município.

A obra de construção da estação de tratamento de esgoto foi iniciada no ano de 2014, com prazo previsto de finalização em 540 dias. No entanto, a construção foi paralisada no ano de 2015 por possíveis problemas técnicos relacionados ao projeto.

Diante disto, o SAAE e a Prefeitura Municipal de Viçosa optaram pela revisão dos projetos e nova submissão à Caixa Econômica Federal, processo este finalizado no ano de 2019.

O Projeto Técnico Social retomou suas atividades em setembro de 2019, com a reprogramação das ações e a montagem da equipe de trabalho, para que no ano de 2020 iniciassem as atividades junto à comunidade do entorno da estação de tratamento de esgoto.

Neste mesmo ano foram realizados os processos licitatórios com a contratação de duas empresas, sendo a empresa Perfil Engenharia Ltda, sediada em Belo Horizonte - MG, responsável pelas obras de construção e a empresa Fraga Marques Engenharia Ltda, sediada em Muriaé - MG responsável pelo gerenciamento e pela fiscalização da execução das obras. As ordens de serviço foram emitidas em maio de 2020, com previsão de finalização em 20 meses, e o custo total da obra é de R$18.249.956,42, sendo R$ 4.475.243,38 de recursos próprios do SAAE e R$ 13.774.713,04 de recursos não onerosos da União.